Друг и собеседник преподобного Сергия Радонежского. Родом из Киева. Принял монашества в Киево-Печерском монастыре. Вследствие усиления гонений на православных со стороны католиков, ища безмолвия, святой удалился в местечко Махрище (в 35 верстах от Троице-Сергиевой лавры) и здесь, не позднее 1358 г. по благословению святителя Алексия, митрополита Московского, основал обитель в честь Св. Троицы.

Ненависть соседних владельцев земли заставила преподобного Стефана удалиться на реку Авнежу, где в 60 верстах от Вологды святой основал другую обитель Св. Троицы.

Вернувшись в Махрищскую обитель, св. Стефан учредил в ней общежитие и подвизался до своей кончины, последовавшей в 1406 г.

В 1550 г. были обретены нетленные мощи преподобного, прославившиеся многими чудесами. Одно из них произошло, вероятно, в 1557 г., когда по молитве к преподобному произошло чудесное умножение хлеба на 2000 богомольцев и остатков собрали столько, что братия питалась еще три месяца.